一部の本を書店に流通させ、それ以外の本を直接個人で販売してもいいですか？

はい、著者納品分は自由に販売していただいて構いません。

著者納品分の本をSNSやホームページ、対面販売等で直接販売すれば、販売額すべてが収入になるので、機会や手段がある方にはおすすめです。
ただし、一般書店や書籍を扱っている雑貨店などとの直取引（著者の手持ち分の本を出版社を通さずに置いてもらう行為）は間違えてその書店から出版社に返品される恐れがあり、売上部数の管理ができなくなってしまいますのでご遠慮ください。