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はい、製作した本の所有権などが大きく違います。

出版社によって協力出版や共同出版の意味合いは異なりますが、多くの出版社では協力（共同）出版で出版した本は出版社所有のものになります。
この点がお手軽出版ドットコムの自費出版との大きな違いです。

当社で出版された本は著者の所有物となり、当社が発行元を請負い書店に流通させる形で契約しています。
例えば、協力（共同）出版では、在庫が残ってしまうと出版社で処分されるか、著者に有料で販売されるかのどちらかが一般的です。
当社の場合は在庫は著者様の所有物ですので、無料でお返ししています。

また、協力（共同）出版の場合、出版権（版権）は出版社の独占となり、他所で発表、出版することはできません。しかし、当社の場合は独占的な契約はいたしませんので、他所で発表、出版することが可能です。 >> 印税方式の自費出版と当社の自費出版の違い